医院建筑作为功能布局和工艺流程最为复杂的民用建筑之一，医疗工艺设计是医院建筑设计最重要的基础。
然而，尽管医院建设项目都引进了医疗工艺咨询服务，但医院建筑依然不可避免地或多或少存在工艺流程缺陷问题，需要进行局部拆除改造，目前医疗工艺设计主要面临这六大问题和三大挑战。（相关阅读：对20余家新竣工医院走访调研后发现，医疗工艺设计普遍存在这6大问题）
来自医院建设项目内在的挑战
每个医院面临的需求端和供给端的情况都不一样，医院选址所在地卫生发展规划、医疗资源供给、群众就医需求和疾病谱等都是不一样的，每个医院都有自身独特的功能定位、特色鲜明的学科发展战略和不同的运营管理理念及体制机制。
因此，每个医院的医疗工艺设计基础需求是不一样的，注定不能生搬硬套别的医院的设计方案。并且随着社会和科技的快速发展，医院面临的需求端和供给端也会不断发生变化，医院的功能定位、学科发展战略和运营管理机制会随着不断的调整，医院各种功能分区和功能要素、医疗活动流线、医疗流程及相关工艺条件、技术指标、参数等需求都有可能会不断地动态变化，导致传统医疗工艺设计固有模式不再适用。
尤其是医院智慧化建设的高速发展，对医院的医疗服务流程、后勤服务流程和管理流程等都会带来翻天覆地的冲击与变化，智慧医院的医疗工艺设计需要有全新的理念和模式。
来自医院建设项目外部的挑战
我国处于近代以来最好的发展时期，世界处于百年未有之大变局，两者同步交织、相互激荡，我国社会经济发展支撑国家崛起速度之快前所未有，新一轮科技革命和产业变革带来的新陈代谢和激烈竞争前所未有。
由此带来了外部对医院建设需求的不断变化，国家的卫生健康政策、医改政策和对医院运营管理的要求不断更新，人民美好生活对医疗健康服务的需求不断提升，科技发展不断给医院带来新的医疗装备、治疗方法和后勤装备，尤其是疫情给医院提出了更多的防疫感控需求，这些都给医院建设的医疗工艺设计带来诸多的挑战。
来自医疗工艺设计业界的挑战
近年来，我国的医疗工艺设计咨询行业得到了高速度的发展，诞生了多个杰出的专业咨询机构，为建设更好的医院作出了巨大的贡献。但由于这是一个全新的行业，发展的时间比较短，不可避免的还存在一些供给端的局限性，难以满足全国大量医院高质量建设的需求。
目前我国还缺乏医疗工艺设计的专业人才培养体系和理论科研体系，缺乏权威完整的医疗工艺设计规范标准体系，各个医疗工艺咨询机构及人才团队良莠不齐，目前的招标采购体系难以确保每个医院建设项目都能够挑选到最优机构和适当的咨询团队。因此，在走访调研的部分医疗工艺设计案例医院，都存在一些不能完美解决问题。